明朝初年,江南运河边的兰溪县里有一英俊少年叫徐继祖。继祖从小天资聪颖。只因父亲常年在运河上专干打家劫舍的勾当,继祖从小就跟着二叔,继祖跟二叔的闺女倩莲青梅竹马、两小无猜；对父亲虽不恨之入骨,但也是嗤之以鼻,不肯相认。这一天,二叔重病不起,看病先生也无能为力,出主意说求求城外慧波庵里的尼姑,诵经求佛,或许有得一救。
继祖和倩莲赶到慧波庵,得悲慈师傅相助,破例诵经一夜,二叔的病情大为好转,至二叔彻底痊愈,适逢京城殿试在即,继祖告别家乡亲友,前往京城赶考。继祖走后,父亲徐能念及二弟的苦心规劝,和儿子对自己不搭不理的态度,决心金盆洗手,弃恶从善,靠开修理铺,光施乡里,三个搭帮兄弟几次来求,徐能都不为之心动。尽管如此,徐能从前犯下的罪孽并不因此而消散。
继祖走后不久,悲慈师傅来看望继祖的二叔,不想一眼认出二十年前杀人越货的徐能。原来,二十年前,有一苏姓县令前往仪真赴任,途中在徐能的船上遭遇抢劫。徐能原本不想杀人,但得知被抢的官人就是新赴任的县令时,失手将苏大人杀害。徐能见事已至此,遂将身怀有孕的苏夫人挟持上岸,交于二弟徐用看管,徐用看其无辜可怜,放走苏夫人。逃命途中,苏夫人产下一男婴,被徐能追上捡走后,自己蓄发为尼。
二十年前的仇人不想在兰溪相遇,悲慈师傅当即向兰溪县衙李捕快报案。看着自己的三个兄弟纷纷落网,徐能用重金贿赂李捕快,将三个兄弟救出牢笼。悲慈见主犯逍遥法外,帮凶捕而又放,遂找到县衙,竟被李捕快以证据不足搪塞而去。此时,正值京城刷卷御史来到兰溪,悲慈师傅赶到码头,举状鸣冤。凑巧的是,此番刷卷御史就是兰溪的前任县令高大人,而助手则是刚刚金榜高中、衣锦还乡的继祖。
继祖前往慧波庵还愿,获悉悲慈师傅的冤情时,担心事情败露的李捕快正打点老上司高大人。与此同时,得李捕快授意的徐能意欲杀悲慈师傅灭口,却被倩莲闻讯相救。非但如此,倩莲还偶然发现继祖的身世。原来,继祖就是悲慈师傅二十年前在逃亡路上遗失的骨肉。一面是含冤二十年的亲生母亲,一面是罪孽深厚却有养育之恩的杀父仇人,继祖难以决断。徐能自行了断后,继祖带着母亲和倩莲,向京城一路顺风而去。
